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剪掉“壞基因” “上帝的手術(shù)刀”難免失手

2020-04-02 15:53來源:科技日?qǐng)?bào) 編輯:萬策
解碼基因編輯

或許你正不幸被某種單基因遺傳疾病折磨,比如血友病、白化病等。有一天,醫(yī)生告訴你,可以用基因編輯技術(shù)“剪去”那個(gè)令你承受病痛的“壞基因”,是不是會(huì)心存感謝? 別急別急,基因編輯這個(gè)被稱為“上帝的手術(shù)刀”的神奇技術(shù),居然也有失手的時(shí)候,這時(shí)我們?cè)撊绾蚊鎸?duì)呢……

近日,一種被命名為GOTI的技術(shù)受到廣泛關(guān)注,這項(xiàng)刊載在《科學(xué)》雜志的成果,由中國科學(xué)院神經(jīng)科學(xué)研究所與國內(nèi)外研究機(jī)構(gòu)的研究者們合作開發(fā),能夠準(zhǔn)確、靈敏地檢測(cè)到基因編輯方法是否會(huì)產(chǎn)生脫靶效應(yīng)(指錯(cuò)誤地編輯了不該編輯的地方)。

那么,科學(xué)家是如何檢測(cè)基因編輯脫靶的?檢測(cè)脫靶為什么這么難?檢測(cè)脫靶技術(shù)未來如何發(fā)展?江蘇南通大學(xué)劉東教授向科技日?qǐng)?bào)記者作了詳細(xì)解釋。

對(duì)比測(cè)序檢測(cè)脫靶操作難,基因編輯技術(shù)就是指能夠?qū)δ繕?biāo)基因進(jìn)行“編輯”,比如對(duì)特定DNA片段的敲除、敲入等。而CRISPR/Cas9技術(shù)自問世以來,因?yàn)橛兄鵁o可比擬的優(yōu)勢(shì),使科學(xué)家可以更加便捷地在細(xì)胞上進(jìn)行“刪除”“復(fù)制”“粘貼”。?


隨著人類的基因編輯能力越來越強(qiáng),漸漸的,憂慮也隨之而來,基因編輯會(huì)不會(huì)失手造出綠巨人那樣的怪物? 這樣的可能并非不存在。因?yàn)?,CRISPR等基因編輯工具再強(qiáng)大,也難以避免“脫靶”效應(yīng)。

如果是拿植物或斑馬魚、小鼠等實(shí)驗(yàn)動(dòng)物來作試驗(yàn),那么即使出錯(cuò)后果也較容易接受,甚至是舍棄重來。但如果用在人類胚胎編輯中,即使是極小概率的“脫靶”也能造成很大的問題,因?yàn)槟悴荒馨岩粋€(gè)胚胎或者活人舍棄重新再做試驗(yàn)。 所以,檢測(cè)基因編輯工具是否脫靶,就成為科學(xué)界必須攻克的一項(xiàng)課題。

“傳統(tǒng)的檢測(cè)方法,簡單的說,就是測(cè)序和分析?!眲|介紹說,在此之前,人們推出過多種檢測(cè)脫靶的方案。以前的那些方法不適合在體檢測(cè)單核苷酸的差異。 他以文本編輯打比方說:“我們?cè)诰庉嬕欢挝谋緯r(shí)刪除一個(gè)字,該怎么確定刪除的那個(gè)字跟預(yù)想的一樣呢?理想情況下,需要跟一個(gè)原始的文檔去比較?!?那么同理,在基因編輯中,科學(xué)家將樣本細(xì)胞分成兩份,一份做基因編輯,一份不做,最后再測(cè)定兩組基因序列,除了目標(biāo)基因的變化外,其他的基因理論上應(yīng)該是相同的,如果出現(xiàn)差異就可能是基因編輯脫靶導(dǎo)致的。

“但是生命不一樣,由于單核苷酸多態(tài)性,我們找不到原始樣本進(jìn)行比較,這也是生物多樣性的特點(diǎn)。”劉東說。 另外,在基因測(cè)序時(shí)需要大量樣本,必須將樣本細(xì)胞進(jìn)行體外擴(kuò)增,也就是大量復(fù)制。而在擴(kuò)增過程中,又會(huì)帶來DNA突變的概率,這就是所謂的“擴(kuò)增噪音”,這樣一來就更難分辨脫靶與突變。 所以,檢測(cè)基因編輯是否脫靶,在理論上是可行的,但在實(shí)踐中很難操作。

新“裁判”為何能明察秋毫

盡管以CRISPR/Cas9等為代表的新一代基因編輯以精確著稱,但是,每一次基因編輯操作本質(zhì)上是成千上萬的基因編輯工具分子對(duì)細(xì)胞做了多次編輯,脫靶無法避免但概率又很低,這就導(dǎo)致極其微弱的脫靶信號(hào)會(huì)淹沒在強(qiáng)大的背景噪音中。 如何去除背景噪音,就是科學(xué)家要做的事,而中科院神經(jīng)所的楊輝實(shí)驗(yàn)室的方法很新穎。 這種名叫“GOTI”的脫靶檢測(cè)技術(shù)是利用小鼠胚胎做實(shí)驗(yàn)。研究者在小鼠受精卵分裂到二細(xì)胞期的時(shí)候,編輯一個(gè)卵裂球,并使用紅色熒光蛋白將其標(biāo)記。小鼠胚胎發(fā)育到14.5天時(shí),將整個(gè)小鼠胚胎消化成為單細(xì)胞,利用流式細(xì)胞分選技術(shù)基于紅色熒光蛋白,分選出基因編輯細(xì)胞和沒有基因編輯的細(xì)胞,再進(jìn)行全基因組測(cè)序比較兩組差異。

“很難找到基因是完全相同的兩只小鼠,但實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組來自同一個(gè)受精卵,理論上基因是完全一致的,這樣進(jìn)行對(duì)比,就能發(fā)現(xiàn)基因編輯是否脫靶了?!眲|告訴記者。 “這項(xiàng)技術(shù)的精妙之處在于,解決了樣本少但精度又很高的問題?!眲|說,單個(gè)細(xì)胞中的DNA很少,并不足以做測(cè)序分析。但科學(xué)家對(duì)兩細(xì)胞期的受精卵進(jìn)行熒光標(biāo)記,然后等它發(fā)育成一個(gè)胚胎,再“拆分”成足夠多的單細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序,無需再做體外擴(kuò)增,擴(kuò)增噪音的問題迎刃而解。

使用該技術(shù)發(fā)現(xiàn),CRISPR/Cas9衍生技術(shù)BE3單堿基編輯會(huì)產(chǎn)生大量脫靶突變,證實(shí)了以BE3為代表的部分基因編輯技術(shù)存在無法預(yù)測(cè)的脫靶風(fēng)險(xiǎn)。這一發(fā)現(xiàn)使得人們對(duì)原本認(rèn)為“特別安全、幾乎不會(huì)有脫靶”的單堿基突變技術(shù)進(jìn)行重新審視。

倫理問題如何避免尚存疑問

但是,業(yè)內(nèi)專家對(duì)此還存有疑慮,這項(xiàng)技術(shù)用在實(shí)驗(yàn)動(dòng)物上是可行的,用在人身上就存在倫理問題。 各國對(duì)基因編輯用于人類早就有多種倫理原則進(jìn)行規(guī)范,其中的一個(gè)原則是,目前必須要有國家級(jí)的政府倫理機(jī)構(gòu)批準(zhǔn),并且不能允許經(jīng)過基因修改的嬰兒出生,即便要用人的胚胎進(jìn)行研究,也一般限于14天的胚胎,即胚胎發(fā)育到14天后必須銷毀,不能發(fā)育成長為人。

而這項(xiàng)檢測(cè)技術(shù)是需要讓胚胎發(fā)育到較為成熟的階段,在許多國家墮胎都是違法,更不用說等到胚胎發(fā)育成人形了。因此,專家們認(rèn)為,這項(xiàng)技術(shù)打開了基因編輯檢測(cè)的一扇新窗口,但是仍需要進(jìn)一步完善。 “精準(zhǔn)二字在生命科學(xué)里很難做到。因?yàn)閺奈⒂^來看,生命的延續(xù)是基于弱作用力的一個(gè)動(dòng)力學(xué)過程,基因發(fā)生變化就是一個(gè)概率問題,想做到很精準(zhǔn),我認(rèn)為理論上是不成立的。”劉東這樣認(rèn)為。

GOTI發(fā)現(xiàn),單堿基編輯技術(shù)有脫靶問題,是不是應(yīng)該放棄對(duì)該技術(shù)的研究?答案是否定的。很多人的遺傳病是單堿基突變導(dǎo)致的。有數(shù)據(jù)表明,全球有7000種罕見病,其中80%是單基因遺傳病,50%發(fā)生在兒童時(shí)期。

“比如我們正在做的耳聾疾病基因治療實(shí)驗(yàn),很多感音性耳聾是由單基因突變?cè)斐傻模谛∈笊蠈?shí)驗(yàn)表明,修復(fù)單堿基突變的基因,聽力就能恢復(fù)。”劉東說到。

劉東認(rèn)為,未來基因編輯用于臨床治療時(shí),必需制定行業(yè)標(biāo)準(zhǔn),而且要非常嚴(yán)格。但是,就像藥物有副作用,外科手術(shù)可能失敗,基因編輯脫靶的風(fēng)險(xiǎn)幾乎無法避免,只要概率在可接受范圍內(nèi),就是可行的?!耙簿褪钦f,當(dāng)希望大于風(fēng)險(xiǎn),就有人會(huì)去做,甚至在沒有選擇時(shí),我們不得不去做?!?br />